Ֆուտբոլային կարիերան ավարտելուց հետո Պետեր Շտյոգերը 2004 թվականին առաջարկ է ստանում «Ունտերզիբենբրուն» ակումբից՝ ստանձնելու գլխավոր մարզչի պաշտոնը, սակայն հրաժարվում է այդ առաջարկից՝ ելնելով ակումբի ֆինանսական վատ վիճակից։ Շտյոգերը համաձայնվում է երկրորդ անգամ վերադառնալ «Աուստրիա» (Վիեննա) և գլխավորել երիտասարդական հավաքականը։ 2005 թվականին Ֆրենկ Շինկելսի հետ համատեղ 3:1 հաշվով հաղթել է «Ռապիդին» երիտասարդական գավաթի եզրափակչում։ 2005 թվականի դեկտեմբերից դարձել է «Աուստրիայի» մարզական տնօրենը (այդ մրցաշրջանում ակումբը դարձել է Ավստրիայի առաջնության չեմպիոն)։
2017 թվականի դեկտեմբերի 10-ին Շտյոգերը ստանձնեց Դորտմունդի«Բորուսիայի» գլխավոր մարզչի պաշտոնը՝ փոխարինելով Պետեր Բոսին[4]։ Պայմանագիրը կնքվել է մինչև 2018 թվականի հունիսի 30-ը[5]։