Կարիերան սկսել է եգիպտական «Էրաբ Կոնտրակտորս» ակումբում։ Նա ակումբում հանդես է եկել 3 տարի։ 2013 թվականին ալ-Նանին տեղափոխվել է Եվրոպա և պայմանագիր է կնքել շվեյցարական «Բազելի» հետ։ Դեբյուտային մրցաշրջանում նրան հաջողվեց թիմի հետ միասին հաղթել երկրի առաջնությունում։ 2016 թվականիհունվարի 4-ին խաղացողը տեղափոխվել է «Արսենալ»[4]։
Մի քանի տարի հանդես է եկել Եգիպտոսի պատանեկան և երիտասարդական հավաքականներում։ 2016 թվականին Մուհամմադ ալ-Նանին ազգային հավաքականի մասնակցեց Լոնդոնի Օլիպիական խաղերին։ Եգիպտոսի հավաքականում նա իր նորամուտը կատարեց 2011 թվականին։