Շամախիում (անունը հայտնի է 2-րդ դարից` Սամախիոս ձևով), հայ բնակչության մասին հավաստի տվյալներ պահպանվել են 15-րդ դարից։ 1471-1478 թվականներին այս շրջաններով անցել է իտալացի ճանապարհորդ Ջ. Բարբարոն, նա Շամախին տեղադրում է "Մեծ Հայաստանում"` նշելով, որ "լավ քաղաք է, ունի 4000-5000 տուն, պատրաստում է մետաքս, կտավ և ուրիշ բաներ իրենց եղանակով... և բնակիչների մեծ մասը հայ է"։ Հայ փիլիսոփա, մանկավարժ Գրիգոր Տաթևացու (1346-1409) ՛աշակերտներից մեկը եղել է Շամախուց ("Հունան ի Շամախու")։

Շամախին եղել է համանուն թեմի կենտրոնը։ 16-րդ դարի Շամախու թեմի առաջնորդի նստավայրն էր Սաղիան (Սաղյան) գյուղի (Շամախուց 20 կմ հեռավորության վրա) Սուրբ Ստեփանոս Նախավկա վանքը։ Տարածաշրջանի բոլոր հայկական եկեղեցիները ենթարկվել են Շամախու թեմին։ Ռուսական տիրապետության հաստատումից (19-րդ դարի սկիզբ) հետո Շամախու թեմը պահպանել է իր գոյությունն ու անվանումը մինչև 1920 թվականը, սակայն նրա ենթակայությունից դուրս են մնացել Շաքիի (Նուխի) և Արեշի եկեղեցիները։

1846 թվականին ստեղծվել է Շամախու նահանգը (Ռուսաստանի տիրապետության տակ անցած Շիրվանի և Շաքիի խանություններից), որը 1859 թվականին վերանվանվել է Բաքվի նահանգ՝ Բաքու կենտրոնով։ Նահանգային կենտրոն Շամախին կորցրել է իր նշանակությունը. պարբերաբար կրկնվող երկրաշարժերը (1668, 1806, 1828, 1859, 1902) նվազեցրել են բնակչության, մասնավորապես՝ հայերի թիվը։ Հայերի մեծ մասը տեղափոխվել է Բաքու, որը դարձել էր երկրամասի հայության տնտեսական, հասարակական ու հոգևոր մշակույթի կենտրոն։ Ըստ՝ 1818 թվականի վիճակագրական մի ցուցակի՝ հայեր ապրել են Շամախու մերձակա 38 գյուղերում, ինչպես նաև Նուխի քաղաքում և մերձակա 47 գյուղերում։

1916 թվականին Շամախիում ապրել է ավելի քան 4,5 հազար հայ։ Քաղաքում գործել են տղաների և օրիորդաց (Ս. Սանդուխտյան) ծխական դպրոցները, Սուրբ Աստվածածին եկեղեցին։ Մեծաթիվ հայ բնակչություն է եղել նաև Շամախու գավառում։

1916 թվականին Շամախու և հարևան Գյոքչայի գավառներում (վարչականորեն՝ Բաքվի նահանգի կազմում) գոյություն ունեին 45 հայաբնակ գյուղեր և ավաններ՝ ավելի քան 35 հազար հայ բնակչությամբ։ Աչքի ընկնող բնակավայրերից էին

Բնակավայրը Հայերի բնակչություն
Մադրասա ավան 4,6 հազար
Ավանաշեն ավելի քան 1000
Գանձակ 1,4 հազար
Գիրկ կամ Կիրկ 2 հազար
Գյուրջիվան 1,7 հազար
Զարգյարան 1,6 հազար
Հնղար ավելի քան 1000
Ղալագահ 2,5 հազար
Վանք 1,1 հազար
Ուշտալ 1,5 հազար
Քարքանջ 1,7 հազար
Քեշխուրդ 1,1 հազար

1918-1920 թվականին Անդրկովկաս ներխուժած թուրքական զորքերի կազմակերպած սպանդի և մուսաֆաթական Ադրբեջանի հայահալած քաղաքականության հետևանքով նշված գավառներում հայերի թիվը խիստ կրճատվել է (1921 ովականին՝ 10,6 հազար)։ Շամախի քաղաքը գրեթե հայաթափվել է (հայերի զգալի մասը տեղափոխվել է Բաքու, ինչպես նաև մոտակա Գյոքչա գյուղաքաղաք)։

1844 թվականին հիմնվել է Շամախու հոգևոր սեմինարիան, 1869 թվականին՝ Սանդուխտյան օրիորդաց դպրոցը, 1864 թվականին՝ Սուրբ Ստեփանոս Նախավկա վանքին կից վանական դպրոցը, 1870 թվականին՝ Մադրասա գյուղի ծխական մեկդասյա դպրոցը, 1872 թվականին՝ Օրիորդաց ծխական դպրոցը։ 1916 թվականին Շամախիում գործել է 14 եկեղեցի, 1914-1915 ուսումնական տարում՝ 23 ծխական դպրոց։

Շամախիում են ծնվել Ալեքսանդր Շիրվանզադեն, Կոստան Զարյանը, Հովհաննես Աբելյանը և ուրիշներ։

Շամախիում հայ կյանքը վերջնականապես դադարել է 1988-1990 թվականին հայ-ադրբեջանական հարաբերությունների սրման պատճառով հայերը լքել են քաղաքը։

Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբանական տարբերակը վերցված է «Հայ Սփյուռք» հանրագիտարանից, որի նյութերը թողարկված են Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) թույլատրագրի ներքո։