Հակաֆոսֆոլիպիդային համակմարմինների (հՖԼՀՖԼ) առկայութնունը առանց որևէ կլինիկական նշանի և թրոմբների առկայության չի համարվում ՀՖՀ։ ՀՖՀ-ի ժամանակ կարող առաջացնել [[թրոմբ]]ներ ցանկացած օրգան համակրգի և՛ [[երակներ]]ում, և՛ [[զարկերակներ]]ում, ինչպես նաև հղիության բարդություններ։ ՀՖՀ-ով պացիենտների մոտ ամենահաճախ երակային [[թրոմբոզ]]ները առաջանում են ստորին վերջույթների խորանիստ երակներում, իսկ զարկերակային ամենահաճախ թրոմբոզների արդյունք են [[կաթված]]ները։ ՀՖՀ-ով հղի կնոջ մոտ առկա է կրկնվող կրելախաղտերի, ներարգանդային աճի հապաղման և վաղաժամ ծննդաբերությունների բարձր ռիսկ<ref name="TongViall2014">{{cite journal|last1=Tong|first1=M.|last2=Viall|first2=C. A.|last3=Chamley|first3=L. W.|title=Antiphospholipid antibodies and the placenta: a systematic review of their in vitro effects and modulation by treatment|journal=Human Reproduction Update|volume=21|issue=1|year=2014|pages=97–118|pmid=25228006 |doi=10.1093/humupd/dmu049 }}</ref>։ Այս բարդությունների առավել հաճախ պատճառը պլացենտար ինֆարկտն է։ Որոշ դեպքերում ՀՖՀ-ն հանդիսանում է նորածնի մտավոր և/կամ ֆիզիկական զարգացման հապաղման գլխավոր պատճառը՝ տրոֆոբլաստի տարբերակման հՖԼ-հարուցված ընկճման պատճառով։ Համակարգային կարմիր գայլախտի և հղիության զուգակցման դեպքում ուշ եռամսյակներում կրելախաղտերի առավել հաճախ պատճառը ՀՖՀ-ն է<ref name=hopkins>[http://www.hopkinslupus.org/lupus-info/lifestyle-additional-information/lupus-pregnancy/ Lupus and Pregnancy] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20130218184232/http://www.hopkinslupus.org/lupus-info/lifestyle-additional-information/lupus-pregnancy/ |date=2013-02-18 }} by Michelle Petri. The Johns Hopkins Lupus Center. Retrieved May 2011</ref>։
Այլ հաճախ հանդիպող նշաններ են թրոմբոցիտների ցածր քանակը, սրտի փականային հիվանդությունը և ցանցանման լիվեդո, չնայած այս նշանները դեր չունեն հիվանդության դասակարգման հարցում։ Տեղեկություններ կան նաև ՀՖՀ-ի և գլխացավերի, միգրենի և օսցիլօպսիայի միջև գոյություն ունի որոշակի ասոցիացիա<ref name="pmid9669481">{{cite journal |vauthors=Rinne T, Bronstein AM, Rudge P, Gresty MA, Luxon LM | title = Bilateral loss of vestibular function: clinical findings in 53 patients | journal = J. Neurol. | volume = 245 | issue = 6–7 | pages = 314–21 | year = 1998 | pmid = 9669481 | doi = 10.1007/s004150050225 | url = }}</ref>։ Որոշ հետազոտություններ ցույց են տվել հոգեկան խանգարումներով անձանց արյան մեջ հՖԼ-ի առկայություն<ref name="pmid17868908">{{cite journal |vauthors=Sokol DK, O'Brien RS, Wagenknecht DR, Rao T, McIntyre JA | title = Antiphospholipid antibodies in blood and cerebrospinal fluid of patients with psychosis | journal = Journal of Neuroimmunology | volume = 190 | issue = 1 | pages = 151–6 | year = 2007 | pmid = 17868908 | doi = 10.1016/j.jneuroim.2007.08.002 }}</ref>։ Շատ քիչ դեպքերում առաջնային ՀՖՀ-ով պացիենտների մոտ կարող է զարգանալ [[համակարգային կարմիր գայլախտ]]։
