Մանե Թանդիլյանն ամուսնացած է, ունի երկու որդի։ Որդիները գտնվում են Ավստրալիայում՝ սովորելով Սիդնեյի տեխնոլոգիական համալսարանում։ Ըստ լրատվամիջոցների հրապարակումների՝ Մանե Թանդիլյանն իր որդիներին Հայաստանից տեղափոխել է, որպեսզի նրանք չծառայեն Հայաստանի զինված ուժերում<ref name="aravot.am Մանե որդիներ արտերկիր">[https://www.aravot.am/2023/09/09/1367347/ ''«Մանե Թանդիլյանի որդիները ուսումը շարունակելու նպատակով ժամանակավորապես են գտնվում արտերկրում»'' հոդված aravot.am կայքում], [https://web.archive.org/web/20230909051742/https://www.aravot.am/2023/09/09/1367347/ ''(արխիվացված 09․09․2023 թվականին)'']։</ref>։
