Վիքիպեդիա

Պատկեր:Coronavirus. SARS-CoV-2.png

Սկզբնական նիշք ‎(2048 × 2048 փիքսել, նիշքի չափը՝ 4,54 ՄԲ, MIME-տեսակը՝ image/png)

Այս նիշքը տեղադրված է Վիքիպահեստում է և այն կարող է օգտագործվել այլ նախագծերի կողմից։ Վիքիպահեստում նիշքի մասին տեղեկությունների հիմնական մասը ներկայացված է ստորև։

Ամփոփում

Նկարագրում
Deutsch: Wissenschaftlich genaues Atommodell der äußeren Struktur des SARS Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), einem Stamm (genetische Variante) des Coronavirus, der die Coronavirus-Krankheit (COVID-19) verursachte und erstmals im Dezember 2019 in Wuhan, China, identifiziert wurde.

Jeder einzelne Ort (amorpher Fleck) ist ein Atom von:

 
kobalt: Virushülle
 
purpurrot: Hüllproteine
 
grün: Matrixproteine
 
orange: Glucose (Glycane)
 
türkis: Spike-Proteine
English: Scientifically accurate atomic model of the external structure of the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), a strain (genetic variant) of the coronavirus that caused coronavirus disease (COVID-19), first identified in Wuhan, China, during December 2019

Each separate locus (amorphous blob) is a molecule of:

 
cobalt: membrane
 
crimson: E protein
 
green: M protein
 
orange: glucose (glycan)
 
turquoise : S (spike) glycoprotein
Español: Modelo atómico de la estructura externa del SARS-CoV-2. Cada "bola" es un átomo.
Leyenda:
 
azul cobalto — membrana
 
turquesa — glicoproteína de pico (S)
 
carmesí — proteína E
 
verde — proteína M
 
naranja — glucosa
Русский: Научно достоверная атомарная модель внешней структуры коронавируса (SARS-CoV-2). Каждый "шарик" — атом. Опубликовано на N+1.

Научный консультант:
Никитин Н. А. (доктор биологических наук, специалист в области вирусологии)
Борисевич С.С. к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков, руководитель группы «Кванты и Динамика», (с.н.с. лаборатория химической физики УфИХ РАН)
Архипова В.И. (специалитет по направлению фундаментальная и прикладная химия. Лаборатория химии РНК, Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук).

  • В работе были использованы следующие структуры из открытых источников:

Protein Data Bank: 2mls, 6y3y, 5x29, 6yyt Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

  • Цветовое обозначение:
 
кобальт — мембрана.
 
бирюза — S-белок.
 
малиновый — E-белок.
 
зелёный — M-белок.
 
оранжевый — гликаны.
Проект был сделан в соответствии с научными источниками:
  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles. // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12. // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody. // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy. // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development. // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17.
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M. // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336.
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle. // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27.
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22.
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion. // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104.
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738.
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane. // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487.

Первичные источники:


Производные моделей протеинов созданы на базе моделей со свободной лицензией (freely available for both non-commercial and commercial use).
Українська: Атомарна модель зовнішньої структури коронавірусу SARS-CoV-2. Кожен «кулька» — атом.
Թվական
Աղբյուր

Բեռնողի սեփական աշխատանք. Scientific consultants:

Nikitin N.A., Doctor of Biological Sciences, Department of Virology, Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University.
Borisevich S.S. Candidate of Chemical Sciences, Specialist in Molecular Modeling of Viral Surface Proteins, Senior Researcher, Head of the "Quantum & Dynamics»,Laboratory of Chemical Physics, Ufa Institute of Chemistry RAS
Arkhipova V.I., specialization in Fundamental and Applied chemistry, senior engineer, RNA Chemistry Laboratory, Institute of chemical biology and fundamental medicine SB RAS
Հեղինակ Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Сonsultant)
Իրավունքներ
(Նիշքի վերաօգտագործումը)

Published by N+1 a popular science online publication of Russia (https://nplus1.ru/), protein models are derivative works of the

free license site (freely available for both non-commercial and commercial use)
Այլ մեկնակերպներ
  • animation
  • Conditional motion SARV-CoV-2 (animation)

Sources

Primary sources:

The following structures from open sources were used in the work, Protein Data Bank (https://www.rcsb.org):

Additional sources:

  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12 // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33324574/)
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336. (https://europepmc.org/article/MED/16474139)
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7112365/, https://europepmc.org/article/PMC/1563832)
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4486061/)
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104 (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7695975, https://search.bvsalud.org/global-literature-on-novel-coronavirus-2019-ncov/resource/en/covidwho-947143)
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420311594)
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487 (https://www.researchgate.net/publication/349986293_Structure_Dynamics_Receptor_Binding_and_Antibody_Binding_of_the_Fully_Glycosylated_Full-Length_SARS-CoV-2_Spike_Protein_in_a_Viral_Membrane)

Արտոնագրում

Ես, սույն աշխատանքի հեղինակային իրավունքների տերը, այսուհետ այն հրատարակում եմ հետևյալ արտոնագրի ներքո։
w:en:Creative Commons
հղում համանման տարածում
This file is licensed under the Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International license.
Դուք ազատ եք՝
  • կիսվել ստեղծագործությամբ – պատճենել, տարածել և փոխանցել այս աշխատանքը։
  • վերափոխել – ադապտացնել աշխատանքը
Պահպանելով հետևյալ պայմանները'
  • հղում – Դուք պետք է նշեք հեղինակի (իրավատիրոջ) հղումը:
  • համանման տարածում – Եթե դուք ձևափոխում եք, փոխակերպում, կամ այս աշխատանքի հիման վրա ստեղծում եք նոր աշխատանք, ապա ձեր ստեղծածը կարող է տարածվել միայն նույն կամ համարժեք թույլատրագրով։

Assessment

Image of the year
Image of the year
Image of the day
Image of the day
Featured image
Quality պատկեր
Quality պատկեր
Valued պատկեր
Valued պատկեր

Վիքիպահեստ

This file was a finalist in Picture of the Year 2021.
This file was the picture of the day on (en) , 1.
This is a featured picture on Wikimedia Commons (Ընտրված պատկերներ) and is considered one of the finest images.
This is a Quality image and is considered to meet the Quality image guidelines.
This is a Valued image and is considered to meet the Valued image criteria.

If you have an image of similar quality that can be published under a suitable copyright license, be sure to upload it, tag it, and nominate it.

Captions

Add a one-line explanation of what this file represents
Model of the coronavirus.

Items portrayed in this file

պատկերված

SARS-CoV-2

ստեղծում

4 Մայիսի 2021

checksum անգլերեն

eb4db5448ad22fc4c229437fae4692de527c749d

որոշման եղանակ: SHA-1 անգլերեն

data size անգլերեն

4 765 767 Բայթ

բարձրություն

2048 փիքսել

լայնություն

2048 փիքսել

Նիշքի պատմություն

Մատնահարեք օրվան/ժամին՝ նիշքի այդ պահին տեսքը դիտելու համար։

Օր/ԺամՄանրապատկերՕբյեկտի չափըՄասնակիցՄեկնաբանություն
ընթացիկ22:17, 9 հունվարի 202222:17, 9 հունվարի 2022 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (4,54 ՄԲ)Jul059Lossless file size reduction
03:58, 24 Սեպտեմբերի 202103:58, 24 Սեպտեմբերի 2021 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (4,6 ՄԲ)Iketsilossless compression
16:06, 15 Հունիսի 202116:06, 15 Հունիսի 2021 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (5,34 ՄԲ)AlexeySolodovnikovfix color bug
14:28, 13 Հունիսի 202114:28, 13 Հունիսի 2021 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (5,34 ՄԲ)AlexeySolodovnikovМы обновили модель. В роли нашего научного консультанта выступил доктор биологических наук, специалист в области вирусологии, Никитин Н. А. и к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков Борисевич С.С. Под их руководством в модель были внесены следующие правки: Изменено количество S-белков с 90 до 38, количество M-белков было увеличено до 1000, а E-белков, как минорных компонентов мембраны, снижено до 15, HE-белок удалён. Также была принята во внимание шарни...
11:06, 17 Մայիսի 202111:06, 17 Մայիսի 2021 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (16,04 ՄԲ)AlexeySolodovnikovadd alpha
18:41, 4 Մայիսի 202118:41, 4 Մայիսի 2021 տարբերակի մանրապատկերը2048 × 2048 (16,04 ՄԲ)AlexeySolodovnikovUploaded own work with UploadWizard

Հետևյալ էջը հղվում է այս նիշքին՝

Նիշքի համընդհանուր օգտագործում

Հետևյալ այլ վիքիները օգտագործում են այս նիշքը՝

Տեսնել այս նիշքի ավելի համընդհանուր օգտագործումը:

Ստացված է «https://hy.wikipedia.org/wiki/Պատկեր:Coronavirus._SARS-CoV-2.png» էջից