Կոմորյան կղզիների դրոշը Կոմորյան կղզիների Հանրապետության պետական խորհրդանիշերից է։ Այն սահմանված է Կոմորյան կղզիներ Սահմանադրությամբ և դրոշի մասին օրենքով։ Կազմված է կանաչ, կապույտ, դեղին, սպիտակ և կարմիր գույներից ՝ լայնքի և երկայնքի 3։5 հարաբերակցությամբ։ Ընդունվել է 2002 թվականի հունվարի 7-ին։ Պետական դրոշների և խորհրդանիշերի մեկնաբանման շատ տարբերակներ և կարծիքներ կան։ Համաձայն դրանցից մեկի՝ կանաչ ֆոնի մահիկն իսլամի խորհրդանիշն է, չորս աստղն ու զոլերը՝ կղզեխմբի չորս հիմնական կղզիների խորհրդանիշն է։ Չորս կղզիների թվին է դասվում նաև Մայոտը, որը դեռ ֆրանսիայի տարածքն է։
