Էքսարխիա թաղամասը ստեղծվել է [[1870]] և -[[1880]] թվականներին՝ այն ժամանակ քաղաքի ծայրամասում։ Անունը գալիս է վաճառական Էքսարխոսի ({{lang-el|Έξαρχος}}) անունից, որը բացել է քաղաքում առաջին հանրախանութն այդ տարածքում։
Այդ ժամանակներից ի վերվեր՝ այդ տարածքը հաճախ կարևոր դեր է խաղացել Հունաստանի հասարակական և քաղաքական կյանքում։ 1973 թվականի նոյեմբերին Էքսարխիայի հետ Աթենքի պոլիտեխնիկական համալսարանում ապստամբություն է սկսվել։ Քանի որ «սև գնդապետների» տապալումից հետո համալսարաններն օգտվում են արտատարածքայինության իրավունքից՝ պաշտպանելով նրանց ոստիկանության չթույլատրված ներթափանցումից, այժմ Էքսարխիան հայտնի է որպես ապաստարան աթենացի անարխիստների և այլ ձախ արմատականների (ծայրահեղ սոցիալիստներ, հակաֆաշիստներ) համար։ Միևնույն ժամանակ, Հունաստանի մայրաքաղաքի մտավոր վերնախավի շատ ներկայացուցիչներ ապրում են այստեղ՝ համալսարանական թաղամասում և քաղաքի կենտրոնական տարածքում։
[[2008]] թվականի դեկտեմբերին, Էքսարխիայում, 15-ամյա Ալեքսանդրոս Գրիգորոպուլոսը գնդակահարվել և սպանվել է ոստիկանի կողմից դեռահաս անարխիստների հետ պայքարում, ինչը բողոքներ է առաջացրել ողջ Հունաստանում և Արևմտյան Եվրոպայում։
