«Biopython»–ի խմբագրումների տարբերություն
Content deleted Content added
No edit summary |
չ ., փոխարինվեց: , → , oգտվելով ԱՎԲ |
||
Տող 1.
'''Biopython''' նախագիծը [[Հաշվարկային կենսաբանություն|հաշվարկային կենսաբանության]] և [[
▲'''Biopython''' նախագիծը [[Հաշվարկային կենսաբանություն|հաշվարկային կենսաբանության]] և [[Կենսաինֆորմատիկա|կենսաինֆորմատիկայի]] ոչ առևտրային նպատակով [[Python]] գործիքների բաց կոդով շարք է, որը ստեղծվել է մշակողների միջազգային ասոցիացիայի կողմից:<ref name="Chapman2000">{{Cite journal|last1=Chapman|first1=Brad|last2=Chang|first2=Jeff|date=August 2000|title=Biopython: Python tools for computational biology|journal=ACM SIGBIO Newsletter|volume=20|issue=2|pages=15–19|doi=10.1145/360262.360268|s2cid=9417766}}</ref><ref name="Cock2009">{{cite journal|last1=Cock|first1=Peter JA|last2=Antao|first2=Tiago|last3=Chang|first3=Jeffery T|last4=Chapman|first4=Brad A|last5=Cox|first5=Cymon J|last6=Dalke|first6=Andrew|last7=Friedberg|first7=Iddo|last8=Hamelryck|first8=Thomas|last9=Kauff|first9=Frank|date=20 March 2009|title=Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics|url=|journal=Bioinformatics|volume=25|issue=11|pages=1422–3|doi=10.1093/bioinformatics/btp163|pmc=2682512|pmid=19304878|last10=Wilczynski|first10=Bartek|last11=de Hoon|first11=Michiel JL}}</ref><ref name="lists">Refer to the Biopython website for other [http://biopython.org/wiki/Documentation#Papers papers describing Biopython], and a list of over one hundred [http://biopython.org/wiki/Publications publications using/citing Biopython].</ref> Այն պարունակում է կլասեր, որոնք ներկայացնում են կենսաբանական հաջորդականությունները և հաջորդականությունների ծանոթագրությունները, և ունակ է կարդալ և գրել տարբեր ֆայլի ձևաչափեր: Այն նաև հնարավորություն է տալիս ծրագրային միջոցներով մուտք գործել կենսաբանական տեղեկատվության առցանց տվյալների շտեմարաններ, ինչպես օրինակ ՝ [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]: Առանձին մոդուլները տարածում են Biopython- ի հնարավորությունները հաջորդականության դասավորության, [[Սպիտակուցներ|սպիտակուցների կառուցվածքի]], [[Պոպուլյացիոն գենետիկա|պոպուլյացիոն գենետիկայի]], ֆիլոգենետիկայի, հաջորդականության մոտիվների և [[Մեքենայական ուսուցում|մեքենայական ուսուցման]] վրա: Biopython- ը մի շարք Bio* նախագծերից մեկն է, որը նախատեսված է հաշվարկային կենսաբանության մեջ ծածկագրերի կրկնօրինակումը նվազեցնելու համար:<ref name="Mangalam2002">{{cite journal| last=Mangalam | first=Harry |title=The Bio* toolkits—a brief overview | journal=Briefings in Bioinformatics |date=September 2002 | volume= 3 | issue= 3 | pages= 296–302 | pmid=12230038 | doi=10.1093/bib/3.3.296| doi-access=free }}</ref>
== Պատմություն ==
Տող 141 ⟶ 140՝
[[File:Phylo.draw.png|thumb|300px|Նկար 1:Արմատավորված ֆիլոգենետիկ ծառ, որը ստեղծվել է Bio- ի կողմից: Phylo- ն ցույց է տալիս տարբեր օրգանիզմների Apaf-1 հոմոլոգների փոխհարաբերությունները:<ref name="Zmasek2007">{{cite journal |last1=Zmasek |first1=Christian M |last2=Zhang |first2=Qing |last3=Ye |first3=Yuzhen |last4=Godzik |first4=Adam |date=24 October 2007 |title=Surprising complexity of the ancestral apoptosis network |url=http://genomebiology.com/2007/8/10/R226 |journal=Genome Biology |volume=8 |issue=10 |accessdate=9 September 2014 |doi=10.1186/gb-2007-8-10-r226 |pages=R226 |pmid=17958905 |pmc=2246300 |archive-date=10 October 2014 |archive-url=https://web.archive.org/web/20141010110024/http://genomebiology.com/2007/8/10/R226 |url-status=dead }}</ref>]]
[[File:Phylo.draw graphviz.png|thumb|Նկար 2: Նույն ծառը, որը պատկերվարված է վերևում
Bio.Phylo մոդուլը տրամադրում է գործիքներ ֆիլոգենետիկ ծառերի հետ աշխատելու և դրանք տեսանելի դարձնելու համար: Կարդալու և գրելու համար ապահովվում են տարբեր ֆայլի ձևաչափեր, այդ թվում ՝ Newick, NEXUS և phyloXML: <code>Tree</code> և <code>Clade</code> օբյեկտների միջոցով կատարվում են ծառերի սովորական մանիպուլյացիաները և անցումները: Օրինակները ներառում են ծառերի ֆայլերի փոխակերպում և համադրում, ծառից ենթախմբերի դուրսբերում, ծառի արմատը փոխելը և ճյուղի առանձնահատկությունների վերլուծություն, ինչպիսիք են երկարությունը կամ միավորը:<ref name="Talevich2012">{{cite journal |last1=Talevich |first1=Eric |last2=Invergo |first2=Brandon M |last3=Cock |first3=Peter JA |last4=Chapman |first4=Brad A |date=21 August 2012 |title=Bio.Phylo: A unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython |url= |journal=BMC Bioinformatics |volume=13 |issue=209 |pages=209 |doi=10.1186/1471-2105-13-209 |pmid=22909249 |pmc=3468381}}</ref>
Տող 161 ⟶ 160՝
=== Պոպուլյացիոն գենետիկա ===
Bio.PopGen մոդուլն ավելացնում է Biopython- ի հնարավորւոթյունը Genepop- ի համար, որը ծրագրային փաթեթ է `պոպուլյացիոն գենետիկայի վիճակագրական վերլուծության համար:<ref name="Rousset2008">{{cite journal|last=Rousset|first=François|date=January 2008|title=GENEPOP'007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux|journal=Molecular Ecology Resources|volume=8|issue=1|pages=103–106|doi=10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x|pmid=21585727|s2cid=25776992}}</ref> Սա թույլ է տալիս վերլուծել Հարդի -Վայնբերգի հավասարակշռությունը, կապի անհավասարակշռությունը և պոպուլյացիոն [[
Այս մոդուլը կարող է նաև իրականացնել պոպուլյացիայի գենետիկական սիմուլյացիա ՝ օգտագործելով fastsimcoal2 ծրագրի հետ համատեղվող տեսությունը:<ref name="Excoffier2011">{{cite journal |last1=Excoffier |first1=Laurent |last2=Foll |first2=Matthieu |date=1 March 2011 |title=fastsimcoal: a continuous-time coalescent simulator of genomic diversity under arbitrarily complex evolutionary scenarios |journal=Bioinformatics |volume=27 |issue=9 |doi=10.1093/bioinformatics/btr124 |pages=1332–1334 |pmid=21398675|doi-access=free }}</ref>
Տող 179 ⟶ 178՝
* [https://github.com/biopython/biopython Biopython source code on GitHub]
[[Կատեգորիա:
| |||