Տարբերում են սնկերի 3 բաժին՝ [[իսկական սնկեր]], [[օոմիցետներ]] և [[լորձնասնկեր]], իսկական սնկերի 5 դաս՝ խիտրիդիոմիցետներ, էնտոմիցետներ, ասկոմիցետներ, բազիդիոմիցետներ և անկատար սնկեր։ Հայտնի է սնկերի ավելի քան 100 հզ. տեսակ՝ տարածված առավելապես [[Եվրոպա]]յում և [[Հյուսիսային Ամերիկա]]յում, [[ՀՀՀայաստան]]-ում՝ մոտ 4200 տեսակ։ Ըստ վեգետատիվ մարմնի կառուցվածքի՝ տարբերում են ստորակարգ (մերկ պլազմային զանգվածի՝ ռիզոմիցելիումի ոչ բջջային կառուցվածք ունեցող սնկամարմնի ձևով) և բարձրակարգ (բջջային միցելիում) սնկեր։ Տարբերում են վայրի սնկերի 3 խումբ՝ խողովակավոր ([[սպիտակ սունկ]], [[կեչասունկ]], կաղամախասունկ, յուղասունկ, մամռասունկ), թիթեղավոր ([[շեկլիկ]], [[աղվեսասունկ]], խոնավասունկ, կոճղասունկ, [[շամպինյոն]], [[ալիքասունկ]], [[Կաթնասնկեր|կաթնասունկ]], ցլասունկ), պարկավոր (մորխ, ոլորքագլուխ, [[Գետնասունկ ամառային|գետնասունկ]])։