Դեկտեմբերին իր ստորաբաժանումներով մասնակցել է հայ-վրացական պատերազմին։ 1919 թվականի հունվարին Արարատյանը վերադառնում է [[Թիֆլիս]]ից, որտեղ մասնակցում էր հայ-վրաց-բրիտանական բանակցություններին։
[[Պատկեր:Christophor Araratov 1919.jpg|alt=|ձախից|մինի|200x200փքս|[[Ալեքսանդր Խատիսյան]]ն ու Քրիստափոր Արարատյանը 1919-ի մայիսի 28-ի զորահանդեսի ժամանակ]]
[[Պատկեր:061 khatisyan araratov may 28 1919.jpg|մինի|ձախից|200px|[[Ալեքսանդր Խատիսյան]]ն ու Քրիստափոր Արարատյանը 1919-ի մայիսի 28-ի զորահանդեսի ժամանակ]]1919- թվականի սկզբին Հայաստանի տարբեր ծայրերում բռնկվում են մի շարք ապստամբություններ կովկասյան թուրքերով (ադրբեջանցիներով) բնակեցված շրջաններում, ու այդ միջավայրում վարչապետ [[Հովհաննես Քաջազնունի]]ն վայր դրեց պարտականությունները, վարչապետ նշանակվեց [[Ալեքսանդր Խատիսյան]]ը, ինչպես նաև ռազմական նախարար [[Հովհաննես Հախվերդյան]]ը լքեց կառավարությունը նույնպես։ Մարտի 27-ին դեռևս չկազմավորված կառավարության կազմում Արարատյանը ստանում է գեներալ-մայորի կոչում ու նշանակվում ՀՀ ռազմական նախարար։ Խատիսյանը տալիս է փայլուն հանձնարարական Արարատյանին. «Անհրաժեշտ է շնորհել նրան գեներալի արժանի կոչումը ու թող Աստծո օգնությամբ տնօրինի Ռազմական նախարարությունը: Նա տաքարյուն է, կոշտ ու հայհոյող, հայերենից բացի փայլուն տիրապետում է նաև հրամանատարական լեզվին»։
Նշանակվելով նախարար՝ Արարատյանը նախկին նախարար Հովհաննես Հավերդյանին հրավիրում է որպես խորհրդական, իսկ իր նախկին հրամանատար գեներալ-լեյտենանտ Մովսես Սիլիկյանին՝ օգնական։
