1991-1992 թթ.-ինթվականներին համառ մարտեր էեն մղվել Մատաղիս և [[Լևոնարխ]] գյուղերի ուղղությամբ, 1992 թ.-ինթվականին հակառակորդը գրավել է Մատաղիսը, և գյուղը բռնագաղթել է։ Բնակիչներն ապաստանել են Հայաստանի և Արցախի Հանրապետությունների տարբեր շրջաններում։ Նույն թվականին [[Ստեփանակերտ]]ում կազմավորվել է մատաղիսցիների կամավորական ջոկատը (հրամանատարներ՝ Ռ. Պետրոսյան և Ռ. Հայրիյան), որն առանձին ջոկատների, ապա ՊԲ ստորաբաժանումների կազմում մասնակցել է Արցախի տարբեր շրջանների ազատագրական մարտերին։ 1994 թ.-իթվականի ապրիլին ՊԲ-ի և [[Էջմիածնի կամավորական ջոկատ]]ի (հրամանատար՝ [[Մանվել Գրիգորյան]]) ուժերով ազատագրվել է Մատաղիսը, և օգոստոսից սկսվել է Մատաղիսի վերաբնակեցումը։ Մատաղիսից զոհվել է 3 ազատամարտիկ։
