1993 թվականի ապրիլի 23-25-ին Էրիթրեայում տեղի է ունեցել հանրաքվե՝ անկախության վերաբերյալ, որի արդյունքում քվեարկողների 99,83 % արտահայտվել են Եթովպիայից անկախանալու օգտին<ref name="Выборы">{{cite news| url=http://africanelections.tripod.com/er.html| publisher=AFRICAN ELECTIONS DATABASE|title=Elections in Eritrea| lang=en}}</ref>։ Նույն հանրաքվեի արդյունքներով Աֆեվերկին դարձել է նոր պետության ղեկավարը։ Մայիսի 24-ին Իսայաս Աֆեվերկին ընտրվել է անկախ Էրիթրեայի առաջին նախագահ։ Շուտով ընտրվել է սահմանադրական ժողով, որը 1997 թվականին ընդունել է երկրի սահմանադրությունը, սակայն մինչ օրս այդ մարմինն է իրականացնում խորհրդարանի գործառույթները։ Նույն թվականին Աֆեվերկին հետաձգել է նախագահական ընտրությունները, իսկ 2001 թվականին նա փաստացի արգելել է ազգային մամուլի գործունեությունը<ref name="Britannica"/>։ Երկրում ընտրություններ տեղի չեն ունենում։ 2015 թվականի հունիսին ՄԱԿ-ը մեղադրել է Աֆեվերկիին մարդու իրավունքների խախտման մեջ՝ հայտնելով, որ նա «մարդկանց վրա ազդում է կոպտագույն խախտումների միջոցով, որոնք հավասար են մարդկության դեմ հանցագործության»։ «Միջազգային համաներում» կազմակերպությունը համարում է, որ նախագահ Իսայաս Աֆեվերկիի կառավարությունը բանտ է նետել 10 000 քաղաքական բանտարկյալների։ Կազմակերպությունը նաև հաստատել է, որ երկրում լայն տարածում ունեն կտտանքները, պատժի ու հարկադրանքի այլ միջոցները։ Աֆեվերկիի իշխանության ներքո Էրիթրեան դարձել է համաշխարհային շուկայում զենքի վաճառքի խոշորագույն միջնորդներից մեկը։<ref>{{cite news | title=Все мировые лидеры| author=Екатерина Адамова, Кирилл Новиков, Антон Парыгин, Максим Сухманский, Анна Черникова|publisher=Журнал «Коммерсантъ Власть»| url=http://www.kommersant.ru/doc/407791?isSearch=True| date= 01.09.2003 | lang=ru}}</ref>
==== Եթովպա-էրիթրեական պատերազմ ====
Հիմնական հոդված․ [[Եթովպա-էրիթրեական պատերազմ]]
Մենես Զենաուի նոր եթովպական կառավարության հետ նախնական բարեկամական հարաբերությունները խախտվել են 1998 թվականին և երկրների միջև սկսվել է եթովպա-էրիթրեական արյունալի պատերազմ, որը շարունակվել է մինչև 2000 թվականը։
1998 թվականի մայիսին էրիթրեական զորքերը գրավել են երեք վիճելի սահմանային տարածքներից մեկը՝ Բադմեն։ 1999 թվականի փետրվարին եթովպական զորքերը հակագրոհի են անցել և վերագրավել Բադմեն, իսկ նոր գրոհի արդյունքում՝ 2000 թվականի մայիսին դուրս են եկել ռազմավարական կարևորություն ունեցող ճանապարհի վրա, որը տանում է դեպի Էրիթրեայի մայրաքաղաք Ասմերա<ref name="Коммерсантъ">{{cite news | title=Всем сестрам по стволам | author=ЛЕОНИД Ъ-ГАНКИН, КОНСТАНТИН Ъ-ЛАНТРАТОВ |publisher=Газета "Коммерсантъ"| url=http://www.kommersant.ru/doc/570344?isSearch=True| date= 15.04.2005 | lang=ru}}</ref>։ 2000 թվականի դեկտեմբերի 12-ին Աֆեվերկին և Զենաուին ՄԱԿ-ի միջնորդությամբ Ալժիրում խաղաղ համաձայնագիր են կնքել<ref>{{cite news | title=Эфиопия и Эритрея прекращают войну |publisher=Русская служба би-би-си| url=http://news.bbc.co.uk/hi/russian/news/newsid_1067000/1067504.stm| date= 12 декабря 2000 г. | lang=ru}}</ref>։
