1453 թվականին շինության մզկիթի վերածումից հետո խճանկաներիցխճանկարներից շատերը ծածկվել են սվաղով իսլամական արգելքի պատճառով։ Այս գործընթացը անմիջապես չի կատարվել, և 17-րդ դարում շատ ճանապարհորդներ նշում են, որ եկեղեցում տեսնելտեսել են քրիստոնեական պատկերներ։ 1847-1849 թվականներին շինությունը վերանորոգվել է շվեյցարա-իտալական ծագումով Ֆոսատի եղբայրների՝ Գասպարեի և Ջուզեպպեի կողմից։ [[Աբդուլ Մեջիդ|Աբդուլ Մեջիդը]] նաև թույլ է տվել, որ եղբայրները գրանցեն բոլոր այն խճանկարները, որոնք վերանորոգման աշխատանքների ժամանակ հայտնաբերել են․ դրանք ավելի ուշ շվեյցարական գրադարանների արխիվներում են հայտնվել<ref>[https://www.youtube.com/watch?v=MlkkLNd4P44 Hagia Sophia. Nova PBS program; originally aired 2/25/2015]</ref>։ ԱեյսԱյս աշխատանքը, իհարկե, իր մեջ չէր ներառում խճանկարների վերականգնում, եղբայրները դրանք գրանցելուց հետո ներկով ծածկումծածկել էին։են։ Ֆոսատի եղբայրները վերականգնել են նաև արևելյան կամարակների վրա գտնվող երկու վեցաթև հրեշտակների խճանկարներ, որոնք, սակայն, վերանորոգման ավարտին կրկին ծածկվել են<ref name="ho207">Hoffman (1999), p. 207</ref>։ Արևմտյան կամարակների վրա եղած երկու նույնանման խճանկարները ընդհանրապես չէին պահպանվել, ուստի եղբայրները պարզապես մյուս երկուսի նմանությամբ նկարել են<ref name="ho207" />։ Ֆոսատի եղբայրների արձանագրությունները հիմնական աղբյուրն են տաճարի քիչ, թե շատ պահպանված կամ վերականգնված խճանկարների մասին մինչև 1894 թվականի Ստամբուլի երկրաշարժը։ Սրանց մեջ է մտել նաև մի խճանկար, որի մանրամասները հայտնի չեն․ այն կոչվել է Աղքատների դուռ։ Այս խճանկարը իրենից ներկայացրել է ոսկեգործ խաչ հրեշտակների, սրբերի, պատրիարքների և եկեղեցու հայրերի պատկերներով։ Անհետացած պատկերների մեծ մասը գտնվել է շինության ճակատամիջում։
Խճանկարներից մեկում շրջանակի մեջ Քրիսոտոսն է, կարելի է ենթադրել, որ այն պատկերված է եղել առաստաղին և նույնիսկ գլխավոր գմբեթի առաստաղին, որը ծածկվել է իսլամական գեղագրական նմուշներով։ Սուրբ Սոֆիայի տաճարի խճանկարների պատկերները այսօր պահպանվում են [[Տիչինո|Տիչինոյի]] արխիվում<ref>{{cite web|url=http://www.arte.tv/guide/fr/047933-000/monuments-eternels|title=Monuments éternels|date=21 September 2014|work=Programmes ARTE|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150505015235/http://www.arte.tv/guide/fr/047933-000/monuments-eternels|archivedate=5 May 2015|deadurl=yes|df=dmy-all}}</ref>։
