Ախալքալաքի շրջանի տարածքը կազմել է [[Մեծ Հայք]]ի<nowiki/> '''[[Գուգարք նահանգ|Գուգարք]]<nowiki/>''' նահանգի''' [[Ջավախք]]''' (վրացերեն՝ ჯავახეთი՝ Ջավախեթի) գավառի մի մասը<nowiki/>[[387 թվական|։ 387 թվական]]ի<nowiki/> [[Հայաստանի առաջին բաժանում|'''Հայաստանի''' առաջին բաժանում]]ից<nowiki/> հետո Սասանյանները Գուգարքի մյուս գավառների հետ միասին Ջավախքը միացրին Վրաց մարզպանությանը։ IX դարում Ջավախքի հարավային մասը՝ Գոգշենը, միացվել է հայ [[Բագրատունիների թագավորություն|'''Բագրատունիների''' թագավորությա]]ըն<nowiki/>ն<nowiki/>, իսկ Ախալքալաք քաղաքը շարունակել է մնալ Վրաստանի կազմում։ Վիրա-աբխազաց Բագրատ Գ Բագրատունի (975–1014 թթ.) թագավորը 1008–1012 թվականներին կառուցեց Ախալքալաքի աշտարակները և դռները, իսկ Բագրատ Դ–ի (1027–1074 թթ.) օրոք՝ 1044–1047 թվականներին կառուցվեցին քաղաքի պարիսպները։ Ախալքալաքը այնուհետև որպես վարչական կենտրոն փոխարինել է Ծունդա քաղաքին (հայերը կոչում էին Քաջատուն, այժմ՝ Սուլդա գյուղ)։
Հնագույն ժամանակներից Ախալքալաքով էր անցնում Ախալցխայից Կումայրի (այժմ՝ '''[[Գյումրի]]''') ամրոցի կողքով դեպի Այրարատ տանող մայրուղին։ 1065 թվականին թուրք–սելջուկները ասպատակեցին Ախալքալաքը։
Ախալքալաքը, իբրև խոշոր առևտրա–արհեստագործական կենտրոն, ծաղկում է ապրել XI–XII դարերում։ XII–XIV դարերում Ախալքալաքը [[Ջավախք]]ի<nowiki/>ի հետ միասին Թմոգվի ամրոցում ('''[[Թմբկաբերդ|Թմկաբերդ]]ում'''ում) նստող Ջավախքի [[Զաքարյաններ]]ի<nowiki/>ի ժառանգական կալվածքն էր։ Նրանց իշխանության օրոք քաղաքն ուներ ինքնավարություն։ 1266 թվականին Ախալքալաքի գավառը Ախալցխայի հետ միասին կազմել է կիսանկախ Սամցխե–Սաաթաբագոյի իշխանությունը։ 1637 թվականին Ախալքալաքի գավառի հետ միասին գրավեցին թուրքերը և դարձրին Ախալցխայի փաշայության մի սանջակը։ [[Ռուս-թուրքական պատերազմ (1806-1812)|'''1806–1812 թվականներթվականների'''ի ռուս–թուրքական պատերազմ]]ի<nowiki/>ի ժամանակ ռուսները գրավեցին Ախալքալաքը, սակայն, 1812 թվականի Բուխարեստի հաշտության պայմանագրո'''վ'''պայմանագրով նորից վերադարձրին '''[[Թուրքիա]]յին'''յին։։ 1828 թվականի հուլիսի 23-ին ռուսական զորքերը գեներգեներալ'''ալ [[Իվան Պասկևիչ]]ի'''ի հրամանատարությամբ գրավեցին '''[[Ախալքալաք]]ը'''ը, իսկ '''[[1829 թվական]]ի<nowiki/>'''ի սեպտեմբերի '''սեպտեմբերի 2-ի'''-ի '''[[Ադրիանապոլսի պայմանագիր|Ադրիանապոլս]]'''[[Ադրիանապոլսի պայմանագիր|ի հաշտության պայմանագրով]] քաղաքը շրջանի հետ միասին միացվեց '''[[Ռուսաստան]]'''ին։ Պատերազմի ժամանակ Ախալքալաքը ավերվել էր, իսկ բնակիչները հեռացել էին քաղաքից։ 1829–1830 թվականներին Կարին'''<nowiki/>'''ի (Էրզրումի), մասամբ՝ Արդահանի և Խնուսի գավառներից հազարավոր հայեր գաղթեցին և բնակություն հաստատեցին Ախալքալաքի շրջակայքում՝ հիմնադրելով մոտ 50 գյուղ։ 1831 թվականին Ախալցխայից տեղափոխված կարնեցիներն ավերված քաղաքի տեղում կառուցեցին ժամանակակից Ախալքալաքը: Հայ արհեստավորները Ախալքալաքում XIX դարի առաջին կեսին հիմնեցին արհեստանոցներ, համքարական կազմակերպություններ։ Ախալքալաքում եղել է մոտ 19 տեսակ արհեստ։ 1860 թվականին Ախալքալաքը դարձավ նոր կազմված Ախալքալաքի գավառի (մինչ այդ մտնում էր Ախալցխայի գավառի մեջ) կենտրոնը և ուներ 2967 բնակիչ, 1893 թվականին՝ 4303 բնակիչ, որից 4084-ը՝ հայեր։ Կարինից գաղթած հայերը 1856 թվականին կառուցեցին Սուրբ Խաչ եկեղեցին, որի զավթում գործում էին ծխական Մեսրոպյան արական (հիմնված 1836 թվականին) և Սանդխտյան իգական (հիմնված '''[[1870 թվական]]ին'''ին) '''դպրոցներդպրոցները'''ը։։ '''[[1889 թվական|1889 թվաթվական]]ին'''կանին բացվեց քաղաքային ուսումնարանը։ 1913–1916 թվականներին Ախալքալաքում լույս է տեսել «Ջավախք» շաբաթաթերթը։
1918 թվականի մայիսին Անդրկովկաս կատարած թուրքական արշավանքի պատճառով քաղաքի և գավառի բնակչության ճնշող մեծամասնությունն արտագաղթում է Բակուրիանի անտառներ ու [[Ծալկայի շրջան]]։ Գաղթած 80 հազար հայերից 35-40 հազարը զոհվում է։
