Ab initio մեթոդներից ամենա տարածվածը դա Հարտրի-Ֆոկի մեթոդն է։ Փաստ է, որ էլեկտրոնները մոլեկուլային համակարգերում փոխազդում են, ինչը Հարտրի-Ֆոկի մեթոդում հաշվի է առնվում միջինացված էլեկտրոնային խտության հետ էլեկտրոնի փոխազդմամբ։ Այս մոտավորության պատճառով Հարտրի-Ֆոկի մեթոդի կիրառումը որոշ տիպի համակարգերին հաշվարկի արդյունքներում բերում է զգալի անճշտությունների։
3. ''Խտության ֆունկցիոնալի տեսության'' (DFT-density functional theory) վրա հիմնված մեթոդները լայնորեն կիրառվում են վերջին տարինեին։տարիներին։ DFT-հաշվարկները շատ նման են ab initio հաշվարկներին, սակայն դրանք գրավիչ են նրանով, որ ի տարբերություն ab initio-ի հաշվի են առնում էլեկտրոնային զույգի անմիջական փոխազդեցությունները (electronic correlation)։ Այն հնարավոր է դարձնում ուսումնասիրել և ճշգրիտ արդյունքներ ստանալ այն համակարգերում և պրոցեսներում, ուր կորելացիոն էֆեկտները որոշիչ են։ Ի տարբերություն կիսաէմպիրիկ մեթոդների DFT-ն և ab initio-ն, չունենալով կախվածություն փորձնական տվյալներից, տեսականորեն կարող են կիրառվել ցանկացած տիպի և քանակի ատոմներ պարոնակող համակարգերում, գրգռված վիճակներում գտնվող մոլեկուլներին և լուծույթներին։ Սակայն, ատոմների քանակի և զանգվածի հետ համընթաց աճում են նաև հաշվարկի համար պահանջվող միջոցները (հաշվարկի տևողություն, հահամակարգչի հզորություն, հիշողությու և այլն..) DFT և ab initio մեթոդի բավականին շատ տեսակներ ընդգրկված է լայն տարածում ստացած Gaussian 98 համակարգչային ծրագրային փաթեթում։
