1990-1992 թվականներին աշխատել է [[Փիլիսոփայության, սոցիոլոգիայի և իրավունքի ինստիտուտ|ԳԱԱ Փիլիսոփայության և իրավունքի ինստիտուտում]] որպես լաբորանտ, 1992-1994 թվականներին եղել է [[ՀՀ կրթության և գիտության նախարարություն|ՀՀ Լուսավորության նախարարության]] Մանկավարժական գիտությունների գիտահետազոտական ինստիտուտի կրտսեր գիտաշխատող, 1993-1998 թվականներին՝ ՀՀ Հեռուստառադիոպետվարչության (հետագայում` ՀՀ կառավարությանն առընթեր Տեղեկատվության և գրահրատարակչության վարչության) հասարակական կարծիքի ուսումնասիրման կենտրոնի խմբագիր, այնուհետև` գլխավոր մասնագետ, 1996 թվականից՝ [[Երևանի պետական համալսարան]]ի փիլիսոփայության և բարոյագիտության ամբիոնի ավագ լաբորանտ, 1996-2000 թվականներին՝ ԵՊՀ փիլիսոփայության և տրամաբանության ամբիոն` ավագ դասախոս, 2000 թվականից՝ ԵՊՀ տեսական փիլիսոփայության և տրամաբանության ամբիոնի դոցենտ, 2003 թվականից՝ [[Հայաստանում ֆրանսիական համալսարան]]ի դասախոս, հունաիտարհումանիտար հասարակագիտական առարկաների ամբիոնի պատասխանատու, 2005, 2006 թվականներին՝ [[ՄԱԿ]]-ի Ազգային զարգացման ծրագրի` մասնագիտական կրթության հարցերով փորձագետ, ազգային փորձագետների թիմի ղեկավար, 2005-2007 թվականներին՝ «Վիճաբանության տեսություն և արվեստ: Բանակցային տեխնոլոգիաներ» գիտահետազոտական թեմայի ղեկավար, 2008-2010 թվականներին՝ «Հռետորիկայի ժամանակակից հիմնահարցեր» թեմայով գիտահետազոտական թեմայի ղեկավար: 2004-2010 թվականներին եղել է [[Երևանի պետական լեզվահասարակագիտական համալսարան|Վալերի Բրյուսովի անվան լեզվաբանական համալսարանի]] «ՅՈՒՆԵՍԿՕ»-ի Մարդու իրավունքների, ժողովրդավարության և եվրոպագիտության ամբիոնի դոցենտ, 2012-2015 թվականներին՝ Մետափիլիսոփայության, փոխակերպական տրամաբանության և փաստարկման տեսության միջազգային գիտահետազոտական ինստիտուտի փոխտնօրեն, 2013 թվականից՝ [[Հայկական պետական մանկավարժական համալսարան]]ի փիլիսոփայության և տրամաբանության ամբիոնի դոցենտ<ref>{{Cite web|url=http://ysu.am/science/hy/Hovhannes-Hovhannisyan|title=Հովհաննես Օնիկի Հովհաննիսյան|website=ysu.am|accessdate=2016-12-19}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://aspu.am/hy/content/hovhannisyan_hovhannes_11/|title=Հովհաննես Օնիկի Հովհաննիսյան|website=aspu.am|accessdate=2016-12-19}}</ref>:
