Հիմնական խնդիրներն են [[ՀՀ բուսական աշխարհ]]ի, [[բուսական պաշար]]ների, բարձրակարգ բույսերի էվոլյուցիայի ուսումնասիրությունը, [[անտառաբուծությունԱնտառաբուծություն (գիտություն)|անտառաբուծությունը]]ը, տնտեսապես արժեքավոր և գեղագարդիչ [[բույսեր]]ի ներմուծումն ու [[կլիմայավարժեցում]]ը, ինչպես նաև [[բույսերի անատոմիա]]յի, [[բույսերի ֆիզիոլոգիա|ֆիզիոլոգիա]]յի, [[էկոլոգիա]]յի, [[փոշեհատիկաբանություն|փոշեհատիկաբանության]], [[բրածո բույսեր]]ի հետազոտությունը։ Կազմված է բարձրակարգ բույսերի [[Կարգաբանություն|կարգաբանության]] և [[Աշխարհագրություն|աշխարհագրության]], [[Անտառագիտություն|անտառագիտության]], [[հումք]]ի և բույսերի էկոլոգիայի, [[երկրաբուսաբանություն|երկրաբուսաբանության]], [[Ծառագիտություն|ծառագիտության]] և [[Ծաղկաբուծություն|ծաղկաբուծության]], «Հայաստանի բուսաշխարհ» բաժիններից, բույսերի ֆիզիոլոգիայի լաբորատորիայից և [[Երևանի բուսաբանական այգի|բուսաբանական այգուց]]՝ [[Սևան (քաղաք)|Սևանի]] ու [[Վանաձոր]]ի բաժանմունքներով։ Ինստիտուտում մշակվել են ՀՀ անտառապատման և կանաչապատման գիտական հիմունքները, որի հիման վրա անտառապատվել է [[Սևանա լիճ|Սևանա լճից]] ազատված շուրջ 17 հզ հա տարածք, հարյուրավոր գեղազարդիչ ներմուծված բուսատեսակներ ներդրվել են քաղաքների և բնակավայրերի կանաչապատման գործում, ստեղծվել են եթերայուղատու, դեղատու և այլ օգտակար հատկություններով բուսատեսակներ։ Կազմվել և հրատարակվել է (1989) բույսերի [[ՀՀ Կարմիր գիրք|Կարմիր գիրք]]ը։ Բուսաբանական ինստիտուտում ստեղծվել է բույսերի հարուստ [[հերբարիում]] (բուսապահոց՝ շուրջ 500 հզ թերթով)<ref>[http://www.sci.am/resorgs.php?oid=12&langid=2 Բուսաբանության ինստիտուտի մասին ՀՀ ԳԱԱ կայքում]</ref>։
