Ժամանակակից մաթեմատիկայի ուղղությամբ հետազոտությունները Հայաստանում սկիզբ են առել դեռևս 1944թ1944 թ-ից, երբ նորաստեղծ [[Հայաստանի գիտությունների ակադեմիա]]յում հիմնադրվեց մաթեմատիկայի և մեխանիկայի բաժանմունքը։ Բաժանմունքը հետագայում վերակազմավորվեց որպես Մաթեմատիկայի և մեխանիկայի ինստիտուտ, որի առաջին տնօրենն էր ակադեմիկոս [[Արտաշես Շահինյան]]ը։
Կազմավորման առաջին տարիներին ինստիտուտը հիմնականում զբաղվում էր ֆունկցիաների տեսությամբ։ Ժամանակի ընթացքում հետազոտությունների դաշտը ընդլայնվեցով ներառեց նաև դիֆերենցիալ և ինտեգրալ հաշիվը, ֆունկցիոնալ անալիզը, հավանականությունների տեսությունը և մաթեմատիկական վիճակագրությունը։
1971թ1971 թ. Մաթեմատիկայի և մեխանիկայի ինստիտուտից առանձնացավ Մաթեմատիկայի ինստիտուտը։ Ինստիտուտի տնօրեններ են եղել ակադեմիկոս [[Մխիթար Ջրբաշյան]]ը (1971-1989, 1989-1994 պատվավոր տնօրեն), ակադեմիկոս [[Նորայր Առաքելյան]]ը(1989-1991, 1997-2006), ակադեմիկոս [[Ալեքսանդր Թալալյան]]ը (1991-1997), ֆ.մ.գ.դ. [[Բագրատ Բատիկյան]]ը (2006-2010), ԳԱԱ թղթ. անդամ [[Վալերի Մարտիրոսյան]]ը (2011-2012)։ Ակադեմիկոսներ [[Սերգեյ Մերգելյան]]ը, [[Ռաֆայել Ալեքսանդրյան]]ը, [[Ռուբեն Վիկտորի Համբարձումյան|Ռուբեն Համբարձումյան]]ը, [[Անրի Ներսեսյան]]ը նույնպես կարևոր ներդրում են ունեցել ինստիտուտի կայացման և զարգացման հարցում։
