1957 թվականին ավարտել է [[Երևանի միջնակարգ մասնագիտական երաժշտական դպրոց|Պյոտր Չայկովսկու անվան միջնակարգ մասնագիտական երաժշտական դպրոց]]ի դաշնամուրային դասարանը։ 1957-1962 թվականներին սովորել է [[Երևանի Կոմիտասի անվան պետական կոնսերվատորիա]]յում՝ արվեստագիտության դոկտոր, [[պրոֆեսոր]], ՀԽՍՀ և ՌԽՖՍՀ արվեստի վաստակավոր գործիչ Գեորգի Տիգրանովի ղեկավարությամբ պաշտպանելով «Էդվարդ Բաղդասարյանի դաշնամուրային պրելյուդները» խորագրով դիպլոմային աշխատանքը։
1963-1965 թվականներին աշխատել է Հայաստանի հեռուստառադիոպետկոմի երաժշտական խմբագրությունխմբագրությունում որպես խմբագիր։ Ռուխկյանը 1965-1969 թվականներին սովորել է ընդունվումսովորում է [[ՀՀ ԳԱԱ Արվեստի ինստիտուտ|ՀԽՍՀ ԳԱ արվեստի ինստիտուտ]]ի ասպիրանտուրայում՝ ուսումնառությունն անցկացնելով [[Մոսկվա]]յի արվեստագիտության համամիութենական ինստիտուտում՝ արվեստագիտության դոկտոր, պրոֆեսոր Վ. Ա. Վասինա-Գրոսմանի ղեկավարությամբ։ 1969 թվականին աշխատանքի է ընդունվել ՀԽՍՀ ԳԱ արվեստի ինստիտուտում՝ որպես երաժշտության բաժնի կրտսեր գիտաշխատող։ 1971 թվականին ՀԽՍՀ ԳԱ արվեստի ինստիտուտում պաշտպանել է թեկնածուական ատենախոսություն՝ «Հայկական սիմֆոնիայի կայացման և զարգացման որոշ հարցեր»թեմայով: 1986 թվականից՝ Արվեստի ինստիտուտի ավագ գիտաշխատող: 2005 թվականին պաշտպանել է դոկտորական ատենախոսություն` «Հայկական սիմֆոնիայի զարգացման արդի փուլը ([[Ավետ Տերտերյան]]ի ստեղծագործության օրինակով)», և ստացել արվեստագիտության դոկտորի գիտական աստիճան։ 2007 թվականից զբաղեցնում է ՀՀ ԳԱԱ արվեստի ինստիտուտի երաժշտության բաժնիբաժինը, 2009 թվականից՝ սփյուռքահայ արվեստի բաժնի առաջատար
գիտաշխատող է<ref>[http://lraber.asj-oa.am/6108/1/2012-4_(286).pdf Մարգարիտա Ռուխկյան, Արդի հայ երաժշտության հետազոտողը]</ref>։
