Ջեյմս Ֆիլիպի Բաղյանը ծնվել է 1952 թվականի փետրվարի 22-ին՝ [[ԱՄՆ]]-ի [[Փենսիլվանիա]] նահանգի [[Ֆիլադելֆիա]] քաղաքում։ Նրա նախնիների ազգանունը եղել է ԿունդեբաղյանՔունդեբաղյան, որն ԱՄՆ-ի ներգաղթային ծառայության աշխատակիցները կրճատել և դարձրել են Բաղյան<ref name="ԲԲ">[https://web.archive.org/web/20141130203656/http://www.yerkramas.org/2011/10/28/dzhejms-bagyan-schastliv-chto-mne-dovelos-stat-pervym-poletevshim-v-kosmos-armyaninom/ Ջեյմս Բաղյան. «Երջանիկ եմ, որ բախտ եմ ունեցել դառնալու տիեզերք թռած առաջին հայը» ([[Արծվի Բախչինյան]]ի հարցազրույցը տիեզերագնացի հետ)]</ref>։
Ջեյմս Բաղյանի հորական պապը` Նազարեթ ԿունդեբաղյանըՔունդեբաղյանը, ԱՄՆ է գաղթել 1913 թվականին [[Արաբկիր]]ից։ ԱՄՆ-ում նա ամուսնացել է [[Մալաթիա]]յից ավելի վաղ` 1908-ին, գաղթած Սաթենիկի հետ։ Ջեյմս Բաղյանի հայրը` Ֆիլիպը, ինչպես նաև նրա եղբայրներն ու քույրերը հարյուր տոկոսով հայ են, որոնք ծնվել են ԱՄՆ-ում։ Ջեյմսի մայրը գերմանուհի է<ref name="ԲԲ" />։ Հայրը նույնպես օդաչու է եղել։
