Արդեն 17-րդ դարի սկզբին Պոլսո պատրիարքությանն է փոխանցվում [[Օսմանյան կայսրություն|Օսմանյան կայսրության]] տարածքում գոյություն ունեցող բոլոր հայ առաքելական եկեղեցիները։ 1900-ական թվականների սկզբին պատրիարքությունն ունեցել է 1181 եկեղեցի և 132 վանք։ Այսօր Պոլսո պատրիարքության իրավասության տակ են գտնվում ընդհանուր առմամբ 45 եկեղեցի, որոնցից 44-ը՝ Թուրքիայում, իսկ մեկը՝ Կրետե կղզում։ Թուրքիայի 42 հայկական եկեղեցիներից 6-ը գտնվում են Ստամբուլից դուրս՝ Կեսարիայում, Դիարբեքիրում, Դերիքում, Իսկենդերունում, Քըրըքհանում և Վաքըֆլը գյուղում։ Պատրիարքության ուղղակի կամ անուղղակի տնօրինության տակ են նաև բազմաթիվ այլ հաստատություններ։
Հայ ազգային-ազատագրական շարժման վերելքի շրջանում, չնայած չափավոր դիրքորոշմանը՝ չգրգռել մահմեդականիսլամական մոլեռանդությունը, այնուամենայնիվ, Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոյի նախաձեռնությամբ [[Սան Ստեֆանոյի պայմանագիր|Սան Ստեֆանոյի պայմանագրի]] (1878թ.) մեջ մտավ արևմտահայերի դրության համեմատական բարելավման մասին կետը։ Դրանով սկիզբ դրվեց [[Հայկական հարց]]ի միջազգայնացմանը։ Քանի որ Սան Ստեֆանոյի պայմանագրի պայմանները չբավարարեցին հայկական հասարակական, քաղաքական շրջանակներին, Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոն որոշում ընդունեց պատվիրակություն ուղարկել եվրոպական տերությունների կողմից 1879թ-ին գումարվող [[Բեռլինի կոնգրես]]։ Կոնգրեսի որոշումները չարդարացրին հայերի հույսերը։ Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոն բազմիցս փորձել է ներազդել թուրքական կառավարության վրա և ստիպել կատարել [[Բեռլինի դաշնագրի 61-րդ հոդված]]ի պայմանները [[Արևմտյան Հայաստան]]ում բարեփոխումներն իրականացնելու վերաբերյալ։ Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոյի երբեմն վախվորած, անվճռական դիրքորոշումը վճռաբար դատապարտվեց հայ բնակչության, ինչպես նաև հայ քաղաքական կուսակցությունների կողմից ([[Գում Գափուի ցույց (1890)|Գում Գափուի ցույց, 1890թ.]]). [[Հայկական կոտորածներ (1894-1896)|1894թ-ի հայկական կոտորածների]] և [[Առաջին համաշխարհային պատերազմ]]ում [[Հայերի ցեղասպանություն|հայերի ցեղասպանության]] ժամանակ Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոն զրկվեց Օսմանյան կայսրությունում հայ բնակչությանը որևէ օգնություն ցույց տալու հնարավորությունից։ Կ.Պոլսի, Արևմտյան Հայաստանի և Օսմանյան կայսրության հայաբնակ վայրերի հոգևորականության բազմաթիվ ներկայացուցիչներ դարձան զանգվածային կոտորածների և տեղահանութան զոհեր։ Շատ հայ հոգևորականներ զենքը ձեռքին մասնակցեցին հայերի հերոսական ինքնապաշտպանական մարտերին Արևմտյան Հայաստանում և Օսմանյան կայսրության մի շարք հայաբնակ շրջաններում ու զոհվեցին։ [[1915]]թ-ի Մեծ եղեռնից հետո Պատրիարքություն Հայոց Թուրքիոն զգալիորեն կորցրեց իր նախկին նշանակությունն ու դերը։ Ներկայումս այն [[Թուրքիա]]յի հայ համայնքի հոգևոր ներկայացուցչությունն է և ենթարկվում է [[Ամենայն հայոց կաթողիկոսություն|Ամենայն հայոց կաթողիկոսությանը]] ([[էջմիածին]])։
