Աղայանի աշխատությունները հիմնականում վերաբերում են [[Անդրկովկաս]]ում և [[Հայաստան]]ում հեղափոխական շարժմանը, հայ-ռուսական հարաբերություններին, Հայաստանում խորհրդային կարգերի հաստատմանը։
«Հայ ժողովրդի ազատագրական պայքարի պատմությունից» (1976) մենագրության մեջ տրված է հայ ժողովրդի ազգ-ազատագրական շարժման պատմությունը XIX դ. 70-ական թվականներից մինչև 1920 թվականը, առանձին գլուխներ նվիրված են 1877-1878 թվականների ռուս-թուրքական պատերազմից հետո հայկական հարցի սկզբնավորման պատմությանը, Բեռլինի կոնգրեսից (1878) հետո ազգ-ազատագրական պայքարի վերելքին, 1915 թվականի հայերի ցեղասպանությանը, 1919-1921 թվականների․ [[Կիլիկիա]]յի դեպքերին, ժողովրդական հերոս [[Անդրանիկ Օզանյան]]ի գործունեությանը և այլն։ «Հոկտեմբերը և հայ ժողովրդի ազատագրական պայքարը» (1982) աշխատություն մեջ այլ հարցերի շարքում քննարկել է 1918-1920 թթ․ հայ ժողովրդի դիմադրությունը թուրք զավթիչներին [[Սարդարապատ]]ի, [[Բաշ-Ապարանի ճակատամարտ|Բաշ Ապարան]]ի, [[Ղարաքիլիսա]]յի ճակատամարտերում, դրանց նշանակությունը, լուսաբանել [[ՌՍՖՍՌ|Խորհրդային Ռուսաստանի]] և [[Հայաստանի Հանրապետության]] փոխհարաբերությունները և այլն։ Հայ ժողովրդի ազգային ազատագրական պայքարի, խորհրդա-հայկական, խորհրդա-թուրքական հարցերն Աղայանը արծարծել է ըստ հայ խորհրդային պատմագրության մեջ մինչև 1980-ական թվականների կեսը իշխող տեսակետի, բացասական գնահատական է տվել 1920 թվականի [[Սևրի պայմանագիր|Սևրի հաշտության պայմանագրին]], անտեսել 1918 թվականին հայկական պետականության՝ հանձինս [[Հայաստանի Դեմոկրատական Հանրապետության|Հայաստանի Հանրապետության]] վերականգնման նշանակությունը և այլն։
