ՌՆԹ-ների սեքվենավորում, ՌՆԹ-ի առաջնային կառուցվածքի որոշում։ Այս հասկացության տակ կարող ենք հասկանալ ինչպես մատրիցային ՌՆԹ-ների, անպես էլ չկոդավորող ՌՆԹ-ների նուկլեոտիդային հաջորդականության որոշումը։ ՌՆԹ-ների ժամանակակից սեքվենավորումը (RNA-seq) հիմնված է կոդավորող ԴՆԹ-ի, հատվածի ուղղակի սեքվենավորման վրա[1] :

Պատմություն խմբագրել

Սեքվենսների գրադարանի ստեղծման գործընթացը կարող է փոփոխվել՝ կապված բարձրարդյունավետ սեքվենսավորման հարթակի հետ։ Ամեն հարթակի համար մշակվել են մի քանի համալիր հավաքածուներ՝ ՌՆԹ-ների տարբեր տիպի գրադարաններ ստեղծելու համար, որոնց ՌՆԹ-ների հաջորդականությունները հարմարեցվում են որոշակի տեխնոլոգիաների յուրահատուկ պահանջներին։ Սակայն վերլուծվող օրինակի բնույթից կախված՝ ամեն տեխնոլոգիայի շրջանակներում կան ընդհանուր գծեր։ Հաճախ մատրիցային ՌՆԹ-ի վրա որևէ ազդեցություն պարզելու համար ՌՆԹ-ի վերջում դրվում է պոլի-А պոչ, որպեսզի համոզվենք կոդավորող և չկոդավորող ՌՆԹ-ների սահմանազատման մեջ։ Դրան կարող ենք հասնել տվյալ տեղամասի հետ միասին՝ օլիգո T պրայմերի հասարակ այրմամբ։ Այդ նպատակով այժմ հաճախ օգտագործում են մագնիսական ուլունքներ։

Պոլի-А ՌՆԹ-ների գրադարան խմբագրել

Արագ և լայնածավալ սեքվենավորման տեխնոլոգիական հիմքն ստեղծվել է 2005 թվականին`454 Life Sciences և IIIumina (նախկինում Solexsa) ընկերությունների կողմից՝ սկզբում օգտագործելով գենոմների սեքվենավորման համար։ Տրանսկրիպտոմների (տրանսկրիպցիայի միջոցով ստացված նյութեր) սեքվենաուլունքներ։

Այժմ որպես ՌՆԹ-ի լայնամասշտաբ սեքվենավորման գործիքային հարթակ օգտագործվում են IIIumina, 454 Life Sciences և SOLID միջոցները։ Ի տարբերություն տրանսկրիպտոմի վերլուծության մեկ այլ լայնամասշտաբ կիրառվող մեթոդի՝ էքսպրեսիոն միկրոչիպերի, ՌՆԹ սեքվենավորումը հնարավորություն է տալիս տվյալներ ստանալ տրանսկրիպտոմների սպլայս տարբերակների, նուկլեոտիդային խմբագրումների, միանուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմների (բազմաձևություննրի), ինչպես նաև քիմերային գեներ մասին։ Բացի այդ, ՌՆԹ-ների սիքվենավորումը հնարավորություն է տալիս ստանալ քանակական բացարձակ տեղեկություններ փորձանմուշի տրանսկրիպտոմների մասին՝ ի տարբերություն միկրոչիպերի հարաբերական քանակական տվյալների։

Ծանոթագրություններ խմբագրել

  1. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. (January 2009). «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics. 10 (1): 57–63. doi:10.1038/nrg2484. PMC 2949280. PMID 19015660.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ բազմաթիվ անուններ: authors list (link)